Finlands institut i Japan främjar högskolesamarbete mellan Finland och Japan. Institutet bidrar med att synliggöra finsk utbildning i Japan, sammanföra japanska och finska högskolor och genomföra projekt och evenemang i samarbete med universitet och yrkeshögskolor.
Institutet förmedlar information om utbildningsutbudet i Finland till japanska studerande via högskolerelaterade mässor, såsom European Higher Education Fair och studentmässor ordnade av organisationen Japan Student Services Organization. Andra former av samarbete som kan nämnas är områdesträffar med universitetsbesök i Östasien för lärare i det finska språket och den finska kulturen samt workshoppen Sino-Finnish-Japanese University Centre Shenyang, som initierats av institutet och sammanför arkitektstuderande från Östasien och Finland.
Finlands institut i Japan fungerar även som konsulterande expert i ärenden om japansk högskoleutbildning och sammanför potentiella samarbetspartner.